Лео,какую-то фигню ты задумал. Во-первых, в нормальной IDE есть проекты и все там должно собираться. Поставь сразу eclipse - она у них практически стала отраслевым стандартом. Во-вторых, есть классический make, который собирает что угодно по весьма тупым правилам в файле Makefile. Ну и в третьих джабисты написали свой make - ant (это у них так принято) и можешь изучить его.